Los mínimos entraron en Alessandria a principios del siglo XVII, con la ayuda del Cardenal Scipione Borghese. Les fue donada en 11 de mayo de 1621 la iglesia de San Juan Bautista con el convento anexo (que en su día habían pertenecido a la Orden de los Umiliati). La donación fue confirmada por el Papa Gregorio XV y el convento fue aceptado en el Capítulo General de los Mínimos celebrado en Roma en 1623, declarándose en el mismo como fundador al menciondo Cardenal Borghese. Convento e iglesia se intitularon a San Francisco de Paula. En 1745 la iglesia fue utilizada como hospital militar sufriendo importantes daños. En 1776 los mínimos emprendieron la reedificación y la iglesia fue finalmente consagrada por el Cardenal Tommaso M. Ghilini el 15 de julio de 1779. En 1783 el convento pasó de la Provincia monástica de Milán a la de Piamonte, en virtud de un Breve de Pío VI. Con la exclaustración el convento fue destruido y la iglesia destinada a almacén. De 1822 a 1830 fue readaptada por los Capuchinos, pasando después a la Cofradía de San Roque.